the error simply says, [you've made changes in files in your workspace from outside eclipse].
意思就是：你已经在你的工作空间更新了文件，但是eclipse并没有，所以出现了这个异常。
分析：
有时候因为时间紧迫的原因，所以就没去管它，今天再次遇到它，实在看着不爽，所以想了办法解决此问题！
这个问题是由于 eclipse 中文件不同步引起的。在eclipse中，工程文件是由eclipse自动扫描添加的，如果在外部修改了工程目录中的文件但又关闭了自动刷新功能，则会引起文件不同步，从而搜索时出现resource is out of sync with the file system问题（其它功能可能也会如此）。此外，在外部没有修改eclipse工程中的文件也有可能引起该问题。
解决方案：
the best way would be to let eclipse automatically handle any external changes in file system. so that when you compile the code it never gives the error [resource is out of sync with the filesystem].
意思就是：最好的方法就是在你的eclipse/sts 设定一下，当文件改变时自动刷新，这样你就永远不用担心编译代码时会出现这个异常了。
具体的方案有两个：
1、直接右键你的项目，进行 refresh 刷新下
2、选择 eclipse 的 window -> preferences -> general -> workspace ，勾选以下两个按钮（问题完美解决）：
refresh automatically refresh using native hooks or pooling总结
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原文链接：https://blog.csdn.net/moneyshi/article/details/60576489
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